嘉峪关市中医医院的前身是始建于1958年的玉门铁路医院。
2004年9月整体移交嘉峪关市政府。
2006年8月正式更名为嘉峪关市中医医院。
2008年9月晋升二级甲等医院。
2014年7月转型为嘉峪关市中医医院。
2015年5月正式更名为嘉峪关市中医医院。
医院位于嘉峪关市镜铁区前进街嘉文路3号，交通便利、环境优雅。
占地面积37000平方米，建筑面积为14404平方米。
截止2014年底，固定资产4921.7万元。
现有21个临床一线科室（心血管内科、呼吸内科、儿科、消化内科、糖尿病内分泌科、神经内科、神经外科、骨科、中医科、普通外科、肿瘤外科、肝胆外科、腔镜微创外科、骨科、妇产科、精卫中心、康复医学科、口腔科、眼科、五官科、门急诊科）、6个临床二线科室（公共卫生、生化检验、超声、放射介入、药品器械、病理）、4个辅助保障科室（医保信息、综治安保、后勤保障、财务核算）。
嘉峪关市中医医院是一所集医疗、急救、教学、预防、康复为一体的二级甲等医院，是嘉峪关市城镇职工、居民、新农合、铁路职工、酒钢职工、803电厂职工医疗保险定点医院。
现有在编职工218人,聘用人员123人，全院现有人员共计341人。
其中主任医师4名；副主任医师16名，中级职称医务人员98名。
各类中医药人才58名，其中引进酒泉名中医主任医师1名、中医研究生1名。
固定资产4921.7万元。
总占地面积4.62万平方米,主体病房楼总面积9800平方米。
全院实有床位数220张（不含精神卫生中心70张），政府按照150张拨款，经加床病人常住200多人。
卫生厅批复床位300张。
2010年共完成门诊诊次101868人，入院3768人次，医疗收入3423.8万、预算内拨款593.9万；2011年共完成门诊诊次98379人，入院4078人次，医疗收入3498万、预算内拨款738.4万；2012年共完成门诊诊次107340人，入院4445人次，医疗收入4088万、预算内拨款748万；2013年共完成门诊诊次91679人，入院5576人，医疗收入4438.5万、预算内拨款803.3万次，；2014年共完成门诊诊次80143人，入院5918人次，医疗收入5146万、预算内拨款1050万。
医院目前有20个临床科室：外一科（普外、泌尿、肿瘤）、外二科（神经外科、神经内科）、内一科（心血管内科、呼吸内科、血液、儿科）、内二科（消化内科、内分泌内科、糖尿病防治中心）、妇产科（腹腔镜妇科、产科）、骨科、康复医学科（康复理疗科、针灸科、中西医结合科）、精卫中心、口腔科、五官科。
8个辅助科室：手术麻醉科、门诊部、急诊科、超声功能科、病理科、药品器械科、影像介入科、检验科。
11个保障科室：办公室、政工科、医务科、护理部、财务科、人事室、医院感染管理科、保卫科、总务科、医保信息科、公共卫生科。
10个重点科室：神经外科、心血管内科、消化内科、介入放射科、超声功能科、内分泌糖尿病科、微创骨科、口腔正畸科、妇科腔镜科、微创骨科。
医院采取的发展战略是：以优质服务赢得民心，用规范技术确立优势，让专业人才主导未来，最终目的是把医院建设成人文品格、生态节约、信息智能，形成有特色、有内涵、有品质、有精神的以特色专科为主的局域医疗中心。
市二院医院有一支以技术骨干为主、甘愿无私奉献干事创业的年轻团队，依靠技术领先、人才领先、服务领先，坚持做强本院特色、引进专家技术、提升诊疗水平、服务社会大众。
医院不断加强医院管理，加大与全国知名专家技术协作力度，带动医院医疗技术水平快速提升。
医院长期聘请省内外专家会诊、讲学、手术、指导，建立了甘肃省人民医院远程会诊协作中心、甘肃省医学会糖尿病、高血压专业委员会授权的“嘉峪关地区糖尿病防治中心”和“嘉峪关地区高血压病防治中心”，医院在显微神经外科、微创关节镜骨科、妇科腔镜、肿瘤介入、超声诊断、口腔正畸、糖尿病规范防治、消化内镜诊治、超声诊断等方面已在本地形成规范、先进的诊疗优势。
医院现有全市重点科室：神经外科、心血管内科、消化内科、介入放射科、超声科、内分泌糖尿病科、微创骨科、口腔正畸科、外妇科腔镜科、微创骨科。
目前已经开展的技术项目有：1、运用介入放射技术治疗各种良恶性肿瘤、胆管癌的PTCD+肝动脉灌注化疗双介入治疗、恶性肿瘤的P53基因治疗、妇科肿瘤及大出血介入治疗。
2、运用显微神经外科技术，开展颅动脉瘤夹闭，脑动静脉畸形全切除、颅内肿瘤及高位颈髓肿瘤手术全切、高龄脑出血、颈椎病手术等手术。
3、骨科开展全髋、全膝关节置换，关节镜下骨折固定和肿物切除。
4、外科开展全腹腔镜下大肠癌根治、十二指肠胰腺肿瘤切除、肾肾上腺肿瘤切除、腹腔镜胆囊切除术。
5、心血管内科开展冠脉介入造影、支架置入、单双腔心脏起博器安装。
6、消化内科开展可携带放射粒子食道支架置入，ERCP、PTC、EST，急诊内镜下止血。
7、妇产科开展小切口手术子宫肌瘤切除；腹腔镜妇科良恶性肿瘤切除；妇科肿瘤盆腔清扫等。
8、中医科开展颈腰痛和慢性疾病的针灸理疗和中西医结合治疗，效果显著。
推行院务公开，规范医疗服务行为。
一是实行住院病人“一日清单”制度，公开检查项目的收费标准，药品价格，住院自费比例、药品收入占总收入比例、平均住院和门诊费用、单病种和单项检查费用、大型检查阳性率等，并进行横向比较，促使科室降低医疗成本和费用；二是实行医院信息公开制度，医务人员上岗佩戴工作牌制度，增加群众看病就医的知情权和选择权。
三是优化服务流程，改善就诊环境。
为了更好的方便群众就医，开设了急诊绿色通道，公布了急救电话，设立了无障碍通道，在门诊大厅等显著位置悬挂就医流程图、指示牌，符合病人的需求，方便群众就医，以最大限度地满足病人的需求，为患者就医带去更多的方便。
2014年购置的大型设备有日本奥林巴斯260SL型电子胃镜一台，美国史赛克电子腹腔镜系统一套，荷兰飞利浦便携式彩色超声机一台，利用市财政支持上门服务资金，购置瑞士体外冲击波疼痛治疗仪一台。
项目建设情况： 一、于2009年立项，2014年5月完工的嘉峪关市精神卫生中心，占地面积为36021.56平方米，建筑面积为4200平方米，投资840万，为国家投资建设项目，目前运行良好，病源除嘉峪关本地患者外，已辐射至酒泉、金塔、瓜州、玉门市、敦煌等地。
二、中医院综合大楼一期工程的前期工作进展顺利 2015年6月24日，市中医医院转型为市中医医院，并于7月3日挂牌成立市中医医院，于7月12日挂牌成立了甘肃省中医院嘉峪关分院。
市中医医院一期工程建设项目按照“整体规划，分期实施，形成规模，提升档次”的原则，依据三级甲等中医医院建设标准设置床位350张，总建筑面积20000平方米。
主要建设项目为住院病房、功能科室及配套设施。