上海市中医医院的前身为上海市立中医门诊部，始建于1954年，是新中国成立后第一批市级中医医疗机构。
其后因历史原因几易其名，1979年正式改名为上海市中医医院。
经过55年的发展壮大，上海市中医医院已发展成为一所中医特色浓厚、临床科室齐全、医学人才汇聚，集医、教、研为一体的三级甲等综合性中医医院，是上海中医药大学附属医院。
医院地址：上海市芷江中路274号，另在静安区石门一路67弄1号设有门诊部（原上海市中医门诊部）。
近年来，医院以科学发展观为指导，发扬中医药传统特色，从中医确有独特疗效的单病种入手，不断加强学科建设，走出了一条凸显中医药特色，发挥中医药优势的发展道路。
上海市中医医院是一所中医特色浓厚、临床科室齐全、医学人才汇聚，集医、教、研为一体的三级甲等综合性中医医院，是上海中医药大学(非直属)附属医院。
医院设有上海市名老中医诊疗所和上海市中医中西医结合专家诊疗所两个专家诊疗中心，云集张镜人、裘沛然、颜德馨等70余位代表上海乃至全国中医界最高水平的专家为病人服务。
开设神经内科、风湿科、消化科、心血管科、呼吸科、内分泌科、肾内科、血液科、肝科、外科、中西医结合外科、妇科、儿科、针灸科、推拿科、肿瘤科、骨伤科、肛肠科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、康复科、急诊科等临床科室。
并拥有国家中管局“十一五”重点专科中医小儿哮喘专科及中医睡眠疾病专科、中医小儿哮喘专科、肿瘤科3个上海市中医临床优势专科；中医小儿厌食专科等2个上海中医药大学临床优势专科和中医失眠症特色专科、中医红斑狼疮特色专科、中医小儿厌食症特色专科、中西医结合治疗帕金森氏综合症特色专科、中医综合治疗腰椎间盘突出症特色专科5个上海市中医特色专科。
目前上海市中医医院设有上海市名老中医诊疗所和上海市中医中西医结合专家诊疗所两个专家诊疗中心，云集以国医大师裘沛然、颜德馨为代表的70余位中医界最高水平的专家为病人服务，并且成立了上海名老中医学术经验研究中心，以此为平台，挖掘、整理、推广、应用名老中医经验，培养中医理论扎实、有较强创新能力的复合型中医临床学科带头人。
上海市中医医院通过完善制度、扶管并重、培养人才等举措，不断加大对专科的建设力度，取得一定成果。
现医院拥有国家中管局重点专科1个（儿科）；上海市中医临床优势专科3个（中医睡眠疾病专科、中医小儿哮喘专科、肿瘤科）；上海中医药大学临床优势专科2个（中医睡眠疾病专科、小儿消化专科）；中医失眠症特色专科、中医红斑狼疮特色专科、中医小儿厌食症特色专科、中西医结合治疗帕金森氏综合症特色专科、中医综合治疗腰椎间盘突出症特色专科5个上海市中医特色专科；“申康”市级医院中医特色专科建设项目1个（中医肿瘤特色专科）。
上海市中医医院中医药科研工作以临床实践为基础，以现代科技为手段，不断提高科研水平。
积极组织2009年度各级各类课题的申报工作，目前已有41项科研课题立项（其中国家级1项、省部级5项、局级8项、校级27项），共获上级部门资助经费214.6万元。
目前在研局级以上课题55项，在研院级课题73项，2009年完成课题26项。
国家中医药管理局三级实验室1个，并为国家食品药品监督管理局GCP基地。
2009年共发表学术论文223篇，其中核心期刊57篇，非核心期刊166篇。
统计源期刊115篇，非统计源期刊108篇。
发表SCI论文3篇。
以主编或副主编单位编写学术著作11部、教材2部。
上海市中医医院核定床位450张，实际开放床位500张。
全院在职职工中有全国名老中医和上海市名中医2人，享受国务院津贴15人，具有正副高级职称136人，其中新增博士后合作导师1人，博士生导师4人，硕士生导师56人，博士点3个、硕士点10个，博士后流动站1个，全院医师中硕、博士占50%以上。
上海市中医医院坚持鲜明的中医特色，中药饮片使用在全市中医院位居第一。
2009年我院门急诊人次增长迅速，门急诊人次近144万人次，同比增长15.49％，每医生门诊人次居市级综合性医院第一位。
2009年出院病人数达8769人次，较去年同期增长15.28%，均次费用在全市三级综合性医院最低。
医院拥有64排螺旋CT、超声刀、DSA等一批先进的现代化仪器设备，为病人科学的诊断、治疗提供了保障。
中医药因其具有“简、廉、便、验”的特点，深受群众欢迎。
我院作为三级甲等综合性中医医院积极推进“中医进社区”工作，与宝山、临汾等八家社区服务中心建立全面合作关系，在上海率先提出并施行了“双向转诊绿色通道”、“双向转诊优惠减免制度”、三级医院主任医师担任全科医师队首席医师等举措，以适宜技术推广、学术交流、人才培养等为手段，实实在在为区域民众提供优质、高效、便捷、低价的中医服务。
在北京、上海、广州、深圳四大城市共同举办的2008年中国健康年度总评榜中，上海市中医医院荣获上海地区最受欢迎的中医医院。
医院以迎世博为契机，推出“服务百分百，医患零距离”服务理念，被授予全国医院（卫生）文化建设先进单位，并多次获得上海市文明单位、爱国卫生先进单位等称号。
面对未来，医院职工将继续秉承“厚德、博学、传承、创新”的院训，坚持中医医院的办院方向，以深化医疗卫生体制改革为契机，以临床实践为核心，创建名院、打造名科、培养名医，建设一所体现中医药特色、上海品牌的中医医院。