东方医院筹建于1986年,于1999年12月12日正式开业，是北京中医药大学第二临床医学院，国家中医药管理局直管单位，国家中医临床研究建设单位，是一所特色明显、功能齐全、设备先进，集医疗、教学、科研、预防和健康咨询为一体的三级甲等中医医院，是教育部211工程建设的中医药大学附属医院，北京市医疗保险定点医院。
2011年6月，北京中医药大学东方医院正式接收北京二七机车厂医院，命名为北京中医药大学东方医院二七院区。
医院现为一院两区（即东方医院方庄院区和东方医院二七院区）。
总占地面积4.62万平方米，总建筑面积9.96万平方米。
东方医院目前编制床位为1175张（其中：方庄院区开放编制800张（目前实际开放730张）；二七院区编制床位375张，将逐渐开放。
目前东方医院日均门诊量达到7500多人次。
设有临床、医技科室38个。
医院技术力量雄厚，诊疗方法是以中医为主、中西医结合。
医院现有高级职称79名，副高级职称139名；有博硕导师95名；4名专家享受政府特殊津贴；8名专家被国家确定为师承制教育导师；9名专家被确定为北京市老中医药专家学术经验继承工作指导老师；另外还有一大批中青年学科、专科带头人。
东方医院现有国家卫计委临床重点专科中医建设项目6个，分别是脑病科、心血管科、妇科、肺病科、脾胃病科、护理学，同时是卫生部国家脑卒中筛查与防治基地；国家中医药管理局重点专科项目14个，分别是脑病科、周围血管科、肾病科、心血管科、妇科、眼科、肺病科、脾胃病科、儿科、皮肤科、耳鼻喉科、肿瘤科、护理学、预防保健科（治未病中心）；有北京市中医特色诊疗中心8个，分别是呼吸病中医特色诊疗中心、脑病中医特色诊疗中心、儿科中医特色诊疗中心、推拿科中医特色诊疗中心、肛肠科中医特色诊疗中心、耳鼻喉科中医特色诊疗中心、妇科中医特色诊疗中心、治未病中心，北京市中医药管理局重点专科5个，分别是针灸科、骨科、内分泌科、急诊科、临床药学；拥有医师培训基地2个，分别是北京中医类别全科医生规范化培训基地、北京市中医住院医师规范化培训基地，另有北京市中医病案质控中心、北京市中医技术质控中心落户我院。
东方医院重视发展中医，特色鲜明，优势明显。
以近百种中医特色治疗方法为主，辅之以现代化诊疗手段，在治疗各种常见病、疑难病等方面，均有丰富的经验和独特的疗效。
为广大患者提供了及时有效、安全便捷、周到热情、价格合理、技术精湛的医疗服务。
开院至今医院开展了包括国家“973”计划课题、国家科技攻关(支撑)计划课题、国家自然科学基金课题、教育部课题、国家中医药管理局课题、北京市课题等在内的共854项科学研究，其中主持国家级课题85项，省部级课题171项，获各级科技成果奖61项。
现拥有国家中医药管理局细胞分子技术三级实验室，是国家食品药品监督管理局药物临床试验机构，并涵盖了15个新药临床试验专业。
医院目前承担着国家教育部“211工程”三期重点学科建设项目，是国家中医药管理局重点研究室、北京市重点学科建设单位。
中华中医药学会耳鼻喉科分会、中华中医药学会脉管病专业委员会、全国中医性学专业委员会及北京市等多个学术团体的主任委员或托管单位。
北京市“薪火工程”名老中医杨甲三教授、刘弼臣教授、王永炎院士、韦玉英教授、王沛教授、周平安教授、廖家桢学术传承研究及工作室站的建设单位设在东方医院。
目前，我院中医学是国家教育部重点二级学科，其中包括中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医骨伤科学、中医五官科学6个重点三级学科。
“十一五”期间，国家中医药管理局批准我院为中西医结合临床、中医妇科学建设单位，“十二五”期间新增中医脑病学、中医痹病学、中医儿科学、中医耳鼻喉科学、中医眼科学、中医肛肠病学、中医周围血管病学7个重点学科。
2012年我院被批准为国家中医药管理局标准研究推广基地，包括呼吸热病、耳鼻咽喉病、心血管病、脾胃病、风湿病、肿瘤、妇科等22个专业。
作为北京中医药大学第二临床医学院，为国家培养了一批高素质专门人才。
学院现设有中医内科专业、中医外科专业、中医妇科专业、中医儿科专业、针灸推拿专业、中西医结合临床专业等11个研究生招生专业，建有中医学、中西医结合博士后流动站，现有博士学位授权点8个，硕士学位授权点11个，共设内、外、妇、儿等19个临床教研室，拥有医疗教学床位730张，是全国中医药高等教育学会临床教育研究会的常务理事单位等。
目前，医院承担有我校五年制、七年制中医临床科研方向班、七年制中西医结合方向班和北京中医药大学--新加坡南洋理工大学中医--生物双学位项目班临床课课堂授课、见实习、研究生教学等任务。
医院装备100万以上的先进医疗设备共有24件。
并配有现代化的手术室、监护室以及健身、药浴、功能康复等设施。
我们将以“大医精诚、救死扶伤、患者至上”为宗旨，以“精益求精、诚信为本、弘扬国粹、传承创新”为理念，竭诚为广大患者服务。