本病以药物治疗为主，可以延缓或阻止病变的进展，改善患者的临床症状，并降低癌变风险。根除幽门螺杆菌主要是通过多种药物联合治疗，可能会使用铋剂+抑酸药+２种抗生素组成的四联疗法。根除幽门螺杆菌，可以逆转萎缩；虽然不能逆转肠化，但是可以延缓肠化进展。胃黏膜保护药可以增强胃黏膜的屏障功能，减轻胃黏膜损害。常用的药物有铝碳酸镁、硫糖铝、替普瑞酮、瑞巴派特等。促胃肠动力药可以加速胃内食物排空，减轻反流症状。常用的药物有多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等。