根据病因肠套叠可以分为两种：原发性肠套叠和继发性肠套叠。原发性肠套叠与回盲部生理结构、肠蠕动的节律紊乱有关；继发性肠套叠与肠道疾病、腹部外伤等因素有关。原发性肠套叠多见于婴幼儿。婴儿回盲部系膜尚未完全固定、活动度较大，容易发生肠套叠。肠蠕动正常节律紊乱时，可引发肠套叠。以下情况易引起肠蠕动节律失调：添加辅食种类过多，婴儿还不能适应新的食物，可能出现食物过敏、腹泻，易诱发肠套叠。婴幼儿的免疫功能尚未成熟，上呼吸道和肠胃易受到细菌、病毒感染，影响肠道的正常蠕动而导致肠套叠。继发性肠套叠多见于成年人，常由以下原因引起：肠道肿瘤、炎症、息肉、结核、粘连以及梅克尔憩室等疾病，可影响肠管的正常蠕动，诱发肠套叠。腹部创伤或手术后，可能导致肠壁水肿粘连、肠道功能紊乱，诱发肠套叠。