慢性肠炎和慢性胃炎的病因不同。慢性肠炎微生物感染轮状病毒、诺瓦克病毒、犬瘟热病毒等病毒可引起病毒性肠炎。痢疾杆菌、空肠弯曲菌和沙门菌等细菌可引起细菌性肠炎。白念珠菌、组织胞浆菌、藻状菌、曲菌等真菌可引起真菌性肠炎。溶组织内阿米巴、鞭毛虫、球虫、弓形虫、蛔虫等寄生虫可引起的寄生虫性肠炎。饮食不当误食污染、腐败变质的食物，易引起急性肠胃炎。药物影响滥用抗生素可导致肠道菌群失调，可能引发肠炎。慢性胃炎幽门螺杆菌感染幽门螺杆菌感染是慢性胃炎的主要病因。不注意饮食卫生、与感染幽门螺杆菌的人共餐，均易感染幽门螺杆菌。十二指肠-胃反流长期存在十二指肠-胃反流，也会导致胃黏膜产生慢性炎症。药物食物刺激长期大量服用非甾体抗炎药（如阿司匹林、吲哚美辛），是慢性胃炎的常见诱因。长期食入浓茶、烈酒、咖啡、过冷、过热或刺激性食物，可导致慢性胃炎的发生。免疫力降低长期精神紧张，生活不规律，患有尿毒症、溃疡性结肠炎等疾病，可因自身免疫功能降低而引发慢性胃炎。环境气候变化对于环境气候变化，如果不能在短时间内适应，就可能会引起支配胃的神经功能紊乱，便胃液分泌和胃的运动不协调，引起慢性胃炎。