内镜检查是慢性肠胃炎诊断的关键，为进一步了解病情，还可能会做胃肠X线钡餐检查、粪便常规、胃液检查、血清学检查、幽门螺杆菌检测等检查。内镜检查结肠镜和胃镜检查是诊断慢性肠胃炎的主要方法。通过内镜可以观察病变范围、大小、形态，帮助判断病情。内镜下取活检标本做病理学检查，帮助诊断和确定疾病类型。胃肠X线钡餐检查通过钡剂灌肠造影可以看到消化道轮廓，帮助判断消化道有无息肉、水肿、狭窄等病变。用气钡双重造影还可以观察黏膜的细微结构，帮助发现病变。便常规如果怀疑为细菌感染引起的慢性肠炎，可以通过检测粪便中的细菌，来帮助诊断疾病，寻找病因。胃液检查基础胃液分泌量测定及组胺试验，可以判断胃泌酸功能，有助于慢性胃炎的诊断及指导临床治疗。血清学检查主要是测定血清促胃液素、胃蛋白酶原的含量。有助于协助判断是否存在胃黏膜萎缩。幽门螺杆菌检测通过胃镜检查取胃黏膜活组织进行检测，或通过13C或14C尿素呼气试验，来检测是否有幽门螺杆菌感染。