慢性肠炎病原治疗病毒性肠炎一般不需病原治疗，可自愈。细菌性肠炎，需要根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。对症治疗腹泻或呕吐严重的患者，医生会根据患者的病程，进行补液治疗。慢性胃炎一般治疗避免进食对胃黏膜有强刺激的食物和药品，戒烟忌酒。注意饮食卫生，改正不良的饮食习惯，防止幽门螺杆菌在家庭内传播。根除幽门螺杆菌目前常用1种质子泵抑制剂+2种抗生素+1种铋剂的四联方案来根除幽门螺杆菌。常用的质子泵抑制剂有：埃索美拉唑、奥美拉唑、兰索拉唑等。常用的抗生素有：克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑等。常用的铋剂有：枸橼酸铋钾、果胶铋等。对症治疗反酸、腹痛时，使用胃黏膜保护剂和抑酸药物可有效缓解症状。上腹饱胀、恶心、呕吐时，常用莫沙必利、多潘立酮等促胃动力药物。