确诊小儿心肌炎的检查主要包括体格检查、X线检查、心电图检查、超声心动图检查、放射性核素显像检查、心脏磁共振显像检查、病原学检查等。体格检查是指通过视、触、叩、听等，判断心音强弱、心律、是否有异常心音及心包摩擦音，血压、脉搏等是否正常，初步了解病情。X线检查可以判断心脏的大小是否正常，以及是否有肺淤血、肺水肿和胸腔积液等。心电图检查可以判断是否有心律失常和心室肥厚，协助诊断。超声心动图检查可以判断是否有左心室扩大、心包积液、瓣膜关闭不全等异常，还能观察室间隔及左室后壁运动幅度、左室射血分数及短轴缩短率等心脏收缩功能。放射性核素显像检查可以显示心肌炎症的浸润部位，有助于诊断。心脏磁共振显像检查可以显示心肌炎特有的改变，包括细胞内及细胞间质水肿、充血、毛细血管渗漏等，严重病例还可显示心肌坏死及纤维化。病原学检查可以取咽拭子、粪便、心包积液等进行检查，可以判断是否有特异性病毒感染。其他检查主要是实验室检查，如检查血清谷草转氨酶（GOT）、α-羟丁酸脱氢酶（α-HBDH）、肌酸激酶（CK）、肌酸激酶同工酶（CK-MB）、肌钙蛋白I或肌钙蛋白T,乳酸脱氢酶（LDH）等，对心肌损伤的诊断有一定意义。