先天性巨结肠病因不明，可能与家族遗传和新生儿发育有关。遗传有家族遗传倾向，男性多于女性。发育远端肠管神经节细胞缺如或功能异常，使肠管处于痉挛狭窄状态，肠管通而不畅，近端肠管代偿性增大。