对于有衣原体肺炎易患因素的病人，一旦出现典型的临床表现，诊断并不困难。医生通常根据典型临床表现、胸部X线征象、呼吸道分泌物涂片及培养作出诊断。肺炎衣原体肺炎相关临床表现新近出现的咳嗽、咳痰或原有呼吸道疾病症状加重，伴或不伴胸痛、呼吸困难、咯血。伴有发热、寒战、肌痛、头痛、乏力。体格检查肺部偶闻及湿性啰音。影像学检查胸部影像学检查显示片状、斑片状浸润性阴影或间质性改变，伴或不伴胸腔积液。微量免疫荧光试验微量免疫荧光试验（MIF）是目前标准并常用的肺炎衣原体血清学诊断方法。诊断标准为MIF试验IgG>1：512和（或）IgM>1：32，在排除类风湿因子（RF）所致的假阳性后可诊断为近期感染。PCR检测即检测肺炎衣原体DNA，敏感性更高，且可和其他种衣原体区分。