本病多见于器质性心脏病患者。大量的研究证实，血流动力学因素、机械因素造成心内膜的原始损伤、非细菌性血栓性心内膜炎、暂时性菌血症以及血液中致病微生物的数量、毒力、侵袭性和黏附于黏膜的能力，均与感染性心内膜炎的发病有关。病原微生物的感染一般细菌（如草绿色链球菌，链球菌，金黄色葡萄球菌，肠球菌）、真菌、病毒或立克次体等微生物，可通过皮肤黏膜等部位侵入人体，引起菌血症、败血症或脓毒血症，并侵袭心脏内膜。心脏瓣膜异常心脏瓣膜的异常有利于病原微生物的生长繁殖。常见的心脏瓣膜异常有：室间隔缺损。动脉导管未闭。法洛四联症。主动脉缩窄。抵抗力下降大多数侵入人体的病原微生物可被免疫系统消灭，但当机体抵抗力下降、病原微生物较“强大”时，病原菌则可侵入血流，侵犯心内膜。易患人群有：被毒力较强的金黄色葡萄球菌感染的人群。使用细胞毒性药物的肿瘤患者。使用免疫抑制剂的器官移植者。手术后未恢复的患者。滥用静脉药物者。植入了永久起搏器或植入型心律转复除颤器（ICD）电极者。