巧克力囊肿一般没有明显症状，部分患者可有月经异常、痛经、突发腹痛、不孕等不适。下腹痛和痛经疼痛是主要不适，典型表现是继发性痛经、进行性加重表现。疼痛主要为下腹部、骶腰部及盆腔中部，可放射到会阴部、肛门及大腿。月经来潮时出现，并持续整个经期。疼痛程度与病灶大小不一定呈正比。少数可表现为持续下腹痛，经期加剧。有部分患者无痛经。不孕40%的患者可出现不孕。性交不适。性交时碰撞或子宫收缩上提引起疼痛，表现为深部性交痛，月经来潮前最明显。月经异常月经量增多、经期延长或月经淋漓不尽或经期前点滴出血。其他表现伴有腹痛、腹泻、便秘、周期性便血；尿频、尿急、腰痛及血尿。周期性疤痕处疼痛和包块，并随时间延长而加剧。