肛窦炎需要与肛裂、肛周脓肿等疾病相鉴别。这些疾病仅通过症状表现不易区分，需到医院就诊。医生会根据临床经验、肛门指诊、肛门镜检查等结果，排除症状相似的疾病，做出诊断。