花斑糠疹的治疗主要有外用药物治疗和系统药物治疗。外用药物治疗外用药物治疗为主要的治疗方法。可选用抗真菌外用制剂，如酮康唑霜、咪康唑霜、克霉唑霜等。酮康唑洗剂、硫代硫酸钠溶液、二硫化硒外用也有一定疗效。也可以选择上述药物洗浴治疗。系统药物治疗适用于外用药物治疗无效或皮损较为广泛者。常用口服抗真菌药物有氟康唑、伊曲康唑等。系统药物治疗还可以有效预防复发。