主要病因为先天因素、久坐、肥胖、骶尾部外伤史等，目前主要有以下两种假说：先天性原因：认为藏毛窦的发生与发育密切相关，由于相关部位髓管残留物或骶尾部中央缝畸形发育导致皮肤内涵物形成囊肿，之中的毛发被解释为内陷的上皮存在毛囊。后天性原因：认为藏毛窦的发生是由于损伤、异物刺激和慢性感染引起的。走路、久坐等使骶尾部摩擦，臀中裂之间的毛发刺入局部皮肤，臀间裂有负吸引作用，可使脱落的毛发向皮下穿透，穿入皮肤，形成短管道，短管道进一步皮化，产生吸力，使毛发聚集于皮下脂肪内，于是皮下异物形成，一旦局部感染发生，便发病形成囊肿。