诊断骶尾部藏毛窦，主要依据体格检查、影像学检查和超声检查。体格检查检查的目的是了解损伤的部位和程度，可初步判断病情。影像学检查和超声检查影像学检查、超声检查可进一步帮助藏毛窦的诊断及鉴别诊断。造影可了解藏毛窦的范围、深度及走向。X线检查可鉴别骨质破坏性疾病（结核）及骶尾部畸胎瘤；腔内超声可鉴别诊断骶尾部藏毛窦和肛瘘。