诊断鼻咽癌主要依据体格检查、鼻咽镜检查、影像检查、EB病毒壳抗原-IgA抗体检测和病理检查来确诊。体格检查通过该项检查可对本病做出初步的诊断。前鼻镜检查可观察到有无新生组织。鼻咽镜检查能全面仔细地观察鼻咽部，可行照相、录像及活检，是检查鼻咽部最有效的现代工具，通过鼻咽镜检查可明确肿瘤的位置、形态、大小、与周围结构的关系等。CT检查CT扫描有较高的分辨率，不仅能显示鼻咽部表层结构的改变，还能显示鼻咽癌向周围结构及咽旁间隙浸润的情况，对颅底骨质及向颅内侵犯情况亦显示较清晰、准确。磁共振MRI对软组织的分辨率比CT高。MRI检查可以确定肿瘤的部位、范围及对邻近结构的侵犯情况。EB病毒壳抗原-IgA抗体检测对本病的诊断有一定的参考意义。病理检查可以确定肿瘤的性质。