目前，卵巢囊肿的病因还没有完全明确，可能与遗传因素、内分泌因素、生活方式、环境因素等有关。遗传因素有卵巢肿瘤家族史。内分泌因素卵巢囊肿多发生于生育年龄。基本病理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素过量产生是体内多种内分泌功能异常协同作用的结果。生活方式如不良的饮食、生活习惯、心理压力过大等。环境因素使用含有激素的丰乳、减肥、美容产品及滋补品；食物中含有激素成分，如蔬菜等使用植物生长激素；家畜饲料中含有瘦肉精等激素成分。