医生会综合考虑多个因素，来制定具体的治疗方案，这些因素包括患者的年龄、发病原因、囊肿的位置和大小、良恶性以及是否需要保留生育功能等。卵巢囊肿的治疗方法以手术治疗为主，也可根据病情，选择药物治疗，并定期复查。手术治疗良性卵巢囊肿如果患者年龄较小，还没有生育史，可以进行卵巢囊肿剥除术，尽可能保留正常的卵巢；如果年龄较大（45岁以上）或已经绝经，可以做输卵管卵巢切除术。恶性卵巢囊肿恶性卵巢囊肿的危害大，容易转移。所以，目前多采取卷地毯式的手术方式，将子宫与恶性囊肿连同盆腹膜整块切除。药物治疗如果发病原因是雄激素含量异常增多，可以选择服用避孕药等药物，降低雄激素的水平。其他治疗积极治疗子宫内膜异位症和卵巢、子宫、泌尿系统等部位的炎症，从源头入手。