孢子丝菌病的治疗主要以药物治疗为主。因为孢子丝菌病通常为局限性的亚急性或慢性感染，治疗首选口服抗真菌药物。两性霉素B可用于皮肤淋巴管型、皮肤播散型及肺孢子丝菌病的治疗。伊曲康唑可作为皮肤淋巴管型孢子丝菌病治疗的首选药物，治疗应持续至所有病灶消失后数周，总疗程3～6个月。碘化钾饱和溶液用于治疗孢子丝菌病，每日3次，开水或果汁送服，随后数周逐渐加量，每日3次。碘化钾饱和溶液有较多不良反应，包括唾液腺肿胀、孢子丝菌病味、皮疹和发热等，唯一优点是价格便宜。合并肺结核感染者禁用。氟康唑疗效不如伊曲康唑，但某些患者用药剂量可达400mg/d。特比萘芬对治疗孢子丝菌病非常有意义，但到目前为止只有少数患者使用过此药物。各种不同类型的加热装置或水浴造成的局部高温对某些固定型皮肤损害有治疗效果。