体格检查、尿动力学试验、肛门括约肌肌电图、影像学检查可以帮助诊断疾病。体格检查多系统萎缩常引起体位性低血压。分别测量平卧位和直立位的血压和心率，有助于医生了解病情，诊断疾病。尿动力学试验尿动力学试验主要用于检查膀胱功能是否正常，有助于早期发现神经源性膀胱功能障碍。肛门括约肌肌电图肛门括约肌肌电图不能帮助医生确诊多系统萎缩，但如果本检查结果正常，可以帮助医生排除多系统萎缩。影像学检查磁共振可以发现壳核、脑桥、小脑、脑室等部位的病变，对确诊疾病，有重要价值。