目前多系统萎缩（MSA）的诊断主要参考 2008年Gilman等提出的第2版诊断标准。该诊断标准基于自主神经功能障碍、帕金森综合征、小脑功能障碍和锥体束损害4种功能障碍的组合及其严重程度，将多系统萎缩分为“可能的”“很可能的”和“确诊的”3个等级。可能的多系统萎缩散发、进展性，成年(30岁以上)起病，并具备以下特征。具有下面两项之一左旋多巴反应不良性帕金森综合征(运动迟缓，伴肌强直、震颤或姿势不稳)；小脑功能障碍(步态共济失调，伴小脑性构音障碍、肢体共济失调或小脑性眼动障碍)。至少有下列1项自主神经功能不全的表现无其他病因可以解释的尿急、尿频或膀胱排空障碍，勃起功能障碍(男性)；体位性低血压(但未达到“很可能的”MSA的诊断标准)。至少有1项下列表现可能的MSA-P或MSA-C：巴宾斯基征阳性，伴腱反射活跃；喘鸣；可能的MSA-P：进展迅速的帕金森症状；对左旋多巴不敏感；运动症状发作3年内出现姿势不稳；小脑功能障碍；运动症状发作5年内出现吞咽困难；磁共振表现为壳核、小脑中脚、 脑桥或小脑萎缩；F-FDG-PET表现为壳核、脑干或小脑低代谢；可能的MSA-C：帕金森症状；MRI表现为壳核、小脑中脚或脑桥萎缩；F-FDG-PET表现为壳核、脑干或小脑低代谢；sPEcT或PET表现为黑质纹状体突触前多巴胺能纤维去神经改变。很可能的多系统萎缩散发、进展性，成年(30岁以上)起病，并具备以下特征：具有下面两项之一左旋多巴反应不良性帕金森综合征(运动迟缓，伴肌强直、震颤或姿势不稳)；小脑功能障碍(步态共济失调，伴小脑性构音障碍、肢体共济失调或小脑性眼动障碍)。至少有1项以下自主神经功能障碍的表现尿失禁(不能控制膀胱排尿，男性合并勃起功能障碍)；体位性低血压(站立3 分钟收缩压下降≥30 mmHg和(或)舒张压下降≥15 mmHg)。确诊的多系统萎缩需经脑组织尸检病理学证实在少突胶质细胞胞浆内存在以a-突触核蛋白为主要成分的嗜酸性包涵体(GCIs)，并伴有橄榄脑桥小脑萎缩或黑质纹状体变性。