治疗原则以局部去除疣体为主，辅助抗病毒和提高免疫功能药物。物理治疗如激光、冷冻、电灼、微波等，可酌情选用，巨大疣体可手术切除。妊娠患者接受物理治疗可能诱发流产。光动力治疗适合于疣体较小者、尿道口尖锐湿疣以及采用物理治疗或外用药物去除疣体后预防复发治疗。外用药物可选择5%咪喹莫特乳膏、0.5%鬼臼毒素酊、5%5-氟尿嘧啶乳膏，注意局部不良反应及其处理。妊娠患者不宜应用。抗病毒和提高免疫功能药物可选用干扰素、转移因子、胸腺素等。