诊断扁平疣的检查主要为体格检查和组织病理学检查。体格检查观察皮肤损害的部位、特点、分布规律，可初步诊断。组织病理学检查结果显示角化过度及棘细胞层肥厚，表皮突可略延伸，表皮细胞尤其棘细胞层浅部及颗粒层有显著的空泡细胞，细胞中央的细胞核凝缩；角质层因角质细胞有很大的空泡而呈网袋形，有助于确诊。