扁平疣的治疗主要治疗包括全身治疗和局部治疗。全身治疗可选择活血化瘀抗病毒的中药制剂如治瘊汤等，也可以选用干扰素、转移因子等免疫调节剂，严重者可应用阿维A治疗。局部治疗CO2激光、液氮冷冻、高频电刀、电离子治疗或微波治疗等物理疗法均可治疗扁平疣。点阵激光或者532激光治疗疼痛。每晚涂搽维A酸溶液、霜剂或凝胶可使损害发红脱屑而后消退。溶于丙二醇及酒精的2％5-FU溶液可用于四肢及成人，而1％溶液应用于面部及儿童为宜。