功能性消化不良病因复杂，常是多种因素综合作用的结果。具体危险因素如下：胃肠动力障碍如在胃排空延缓、胃容受性障碍（食物或水进入胃后，胃不能扩大相应的容积）、餐后胃动力降低等情况下，可能会出现功能性消化不良的症状。内脏感觉异常功能性消化不良患者的胃、十二指肠可能对扩张等物理刺激，或者酸、脂质等化学刺激过于敏感，容易出现功能性消化不良的症状。幽门螺杆菌感染幽门螺杆菌感染是产生功能性消化不良的可能原因。精神心理因素有调查显示，功能性消化不良患者常存在焦虑、抑郁等精神心理异常。童年时期应激事件的发生频率也比普通人群高。胃肠激素紊乱胃肠激素如胃泌素、胆囊收缩素、血管活性肠肽等可能与引发功能性消化不良的机制有关。脑-肠轴功能障碍脑-肠轴功能障碍可能导致胃容受功能受损和胃窦动力下降，从而引起功能性消化不良。十二指肠低度炎症引起黏膜屏障受损在感染、应激、十二指肠内pH值过低，以及吸烟、食物过敏等情况下，十二指肠黏膜可发生低度炎症，导致黏膜屏障受损，黏膜通透性变化，引起功能性消化不良。环境因素部分功能性消化不良患者在急性胃肠道感染后发病。