由于临床表现无特异性，诊断多依靠直肠指检、内镜检查。直肠指检直肠指检可触及隆起型固定肿物，对于该病可以做出初步的诊断。内镜检查可以清除地看到肿瘤的位置、大小及周围组织的情况。内镜检查可同时取病理活检，肛管癌确诊以组织病理学检查为准。