确诊甲状腺舌管囊肿主要依靠超声和影像学检查。浅表器官超声是甲状腺舌管囊肿首选的检查方法，其诊断准确率接近100%。CT、磁共振、造影等不只可以显示甲状腺舌管囊肿，也可确认其位置、形态、边界及其与舌骨的关系。