医生诊断肝内胆管结石主要依靠症状、体征、影像学检查。症状、体征本病典型的表现为上腹部疼痛，典型胆绞痛或持续性胀痛。影像学检查腹部超声：可显示肝内胆管强回声团，伴有声影。CT、磁共振：可显示肝门的位置、胆管扩张及肝脏肥大、萎缩的变化。MRCP：可清晰显示胆管系统的形态结构。逆行胰胆管造影（ERCP）、胆道镜检查：对肝内胆管结石有明确的诊断及治疗价值。