病因可分为原发性或继发性生长激素缺乏症。原发性遗传因素包括激素异常或者受体异常，也包括与垂体发育有关的基因缺陷。特发性下丘脑功能异常，神经递质神经激素信号传导途径的缺陷。发育异常垂体不发育、发育不良，空蝶鞍，视中隔发育异常等。继发性肿瘤下丘脑、垂体或颅内其他肿瘤，例如颅咽管瘤、神经纤维瘤、错构瘤等。放射性损伤下丘脑、垂体肿瘤放疗后。头部创伤产伤、手术损伤、颅底骨折等。