可能是患者神经脱髓鞘变引起舌咽神经的传入冲动和迷走神经之间发生“短路”的结果。在颈静脉孔区、颅底、鼻咽部、扁桃体等部位看见肿瘤，局部蛛网膜炎或动脉瘤。以上被称为继发性舌咽神经痛。随着近些年来不断发展的显微血管外科，能够发现有些患者的舌咽神经受椎动脉或小脑后下动脉的压迫。