确诊肾结石主要依靠实验室检查和影像学检查。实验室检查尿常规检查常能见到肉眼或镜下血尿。伴感染时有脓尿，感染性尿路结石病人应行尿液细菌培养。尿液分析还可测定尿液pH、钙、磷、尿酸、草酸等。发现晶体尿不要忽视一种少见病，胱氨酸结石的排查。血生化检查检测血钙、白蛋白、肌酐、尿酸等，了解身体代谢情况。结石成分分析是确定结石性质的方法，也是制订结石预防措施和选用溶石疗法的重要依据。影像学检查超声是首选影像学检查，能显示结石的高回声影及其后方的声影,亦能显示结石梗阻引起的肾积水及肾实质萎缩等,可发现尿路平片不能显示的小结石和X线透光结石。X线检查尿路平片：能发现90%以上的X线阳性结石。CT：确诊结石的检查手段，几乎可以发现所有结石。同时也能明确结石的大小、形态、精确位置等。静脉尿路造影：可以评价结石所致的肾结构和功能改变,有无引起结石的尿路异常如先天性畸形等。逆行或经皮肾穿刺造影：属于有创检查,一般不作为初始诊断手段，往往在其他方法不能确定结石的部位或结石以下尿路系统病情不明需要鉴别诊断时采用。磁共振水成像: 能够了解结石梗阻后输尿管积水的情况。