生物学因素性心理障碍的病因复杂多样，个体差异极大。胎儿期的雄激素水平影响到成人后大脑对性活动的控制能力，会导致个体在儿童期的性心理发育易受环境的影响；可能还与性腺活动阶段有关，一般在青春期开始较为明显；家族性异性症病例的发现也提示其发生与遗传因素有一定关系。家庭社会因素父母对性行为若采取禁止、排斥或放纵、混乱的态度，都容易让孩子产生性适应不良行为。不正确的养育方式，如把男孩当做女孩养，可能会造成孩子从小的性认同偏差。另外，性行为和性认同混乱的社会环境，或缺乏关爱、充满矛盾的家庭关系，也可能是造成性心理障碍的重要因素。