根据病史、典型的临床表现，如喷射性呕吐、胃蠕动波及幽门包块，诊断即可确定，其中最可靠的诊断依据是摸到幽门包块。确诊还需要结合各项检查结果。病史新生儿出生后2～3周出现溢乳的情况，进食时呕吐症状频繁出现。典型表现患儿最初吐奶，接着为喷射性呕吐，呕吐物为黏液或乳汁，不含胆汁。体重下降，尿量减少，数天排便1次，量少呈棕绿色，称为饥饿性粪便。呕吐丧失大量胃酸可致碱中毒，有呼吸浅慢、喉痉挛、手足抽搐、脱水及肾功能低下。体格检查上腹部可见胃型及蠕动波。当呕吐之后胃空虚或腹肌松弛时，在上腹的右方，肝脏下缘及腹直肌的外缘之间，可触到檄揽形、光滑质硬的包块，直径l～2厘米大小，即为肥厚的幽门。约80%以上的病例可以摸到此包块。实验室检查长期呕吐丧失大量胃酸可导致低氯性碱中毒，血中游离钙下降。超声检查幽门肌层厚度≥4mm，幽门管长度≥18mm，幽门管直径≥15mm。上消化道钡餐造影检查幽门管腔增长＞1cm和狭细＜0.2cm。同时可见胃扩张、胃蠕动波增强、幽门口关闭呈“鸟喙状”、胃排空延迟等征象。