新生儿坏死性小肠结肠炎常需与中毒性肠麻痹、肠扭转、新生儿败血症等相鉴别。如出生后不久出现腹胀、呕吐、腹泻或便血，且有呼吸暂停、心动过缓、嗜睡、皮肤青紫等症状应立即到医院就诊。医生将根据患儿病史、体格检查、临床表现及实验室、影像学检查来诊断。