小儿疱疹性咽峡炎主要采取主要采用一般治疗、药物治疗、对症治疗。一般治疗告诉患儿家长该病的自限性和治疗目的，防止交叉感染及并发症。注意休息、居室通风、多饮水、流质饮食、补充维生素，并且进行雾化吸入治疗等。药物治疗疱疹性咽峡炎一般不需要抗病毒治疗。目前也没有特异性抗病毒疗法可用于治疗疱疹性咽峡炎。对症治疗高热可口服对乙酰氨基酚或布洛芬，亦可用物理降温，如冷敷或温水浴。发生热性惊厥者可予镇静、止惊等处理。咽痛可含服咽喉片。