治疗永存动脉干应尽早手术治疗。目前提倡6月内，甚至新生儿时即行根治术，以防止发生肺动脉阻塞性病变。伴有严重心力衰竭的患儿可经内科治疗后再手术。内科治疗无效的严重心力衰竭患儿也应手术治疗。再次手术的指征是移植的管道发生梗阻；瓣膜衰败导致心力衰竭；第一次移植的管道直径小，不适应患儿生长发育的需要。