骶管囊肿属于硬脊膜囊肿，起源于脊髓被膜，故用“椎管内脊膜囊肿”来总称这类疾病。椎管内脊膜囊肿多数被认为是先天性的，也有部分是后天获得的，各型的成因有所不同。不论何种原因，囊肿的形成是由于其初期与蛛网膜下腔相通，脑脊液随着动脉搏动进入，最终由于流出不畅或因液体静水压而逐渐扩大。