患者可出现慢性下腰部、骶尾部、会阴部疼痛不适；还可伴有大腿背侧疼痛、坐骨神经痛、甚至神经源性跛行等症状。不含有脊神经根纤维的硬膜外脊膜囊肿患者多数无症状；25%的含有脊神经根纤维的硬膜外脊膜囊肿患者有症状。骶管内有支配鞍区、大腿背侧、会阴区的感觉及运动神经，还有支配大小便的副交感神经纤维，囊肿靠近头端会压迫坐骨神经。