确诊肾囊肿，主要依靠影像学检查。超声检查是肾囊肿首选的检查方法，可以准确分辨出囊性病变。CT检查是肾囊肿的确定性检查，可以清晰显示肾囊肿病变，并可鉴别多囊肾，囊性肾癌等。静脉尿路造影不能直接显示囊肿。主要用于与肾积水、髓质海绵肾的鉴别诊断。